پروژه ققنوس ایران از گروه‌های پژوهشی در عرصه‌های مختلف تشکیل شده است. این گروه‌ها در استراتژی ققنوس2.0 به شکلی تنظیم و هماهنگ می‌شوند که در عین استقلال در فعالیت‌های علمی و پژوهشی خود، در ارتباط و مشاوره‌ی دائم با یکدیگر قرار داشته باشند. این رابطه در نمودار زیر نشان داده می‌شود.

در کنار هیئت هماهنگی که مسئولیت امور اجرایی و اداری و مالی این اندیشکده را بر عهده دارد، سه گروه شبکه علمی، آموزش، پژوهش‌های تجربی، در مناسبات فعال با یکدیگر به بررسی مسائل در عرصه‌های مختلف مانند  اقتصاد، سیاست، علوم اجتماعی، تکنولوژی، محیط زیست، حقوق و قوانین، صنایع، بهداشت و درمان، امور دفاعی، رسانه، کشاورزی، شهرسازی و انرژی می‌پردازند.